Die Saxonia Stiftung wurde 1992 gegründet. Ihr ursprünglicher Zweck war die soziale Betreuung der in Rumänien verbliebenen Siebenbürger Sachsen sowie die Vermittlung von Wirtschaftshilfe an Kleinunternehmer aus den Reihen der siebenbürgisch-deutschen Gemeinschaft und deren Umfeld.
Im Jahr 2008 wurde die Vermittlung der Wirtschaftshilfe von der dazu neu gegründeten Stiftung Saxonia-Transilvania übernommen, während die Saxonia Stiftung ihre sozialen Aufgaben weiterführt.